副作用——发热：
低热：通常体温不超过38.5℃。
干细胞输入到身体后会分泌一些细胞因子调节免疫系统，造成短时间内对体温有一定影响。干细胞制备过程中引入多种外源因子（酶、血清、抗生素、细胞因子、抗体等）可能影响体温；所以有部分患者回输干细胞后会有短时间发热的症状。
高热：体温超过38.5℃
新鲜制备的干细胞使用前没有足够的完成全面的质量检定，持续高热发生时首先要考虑病原微生物的污染（细菌、支原体、真菌、病毒等），其次部分微生物也无法在短时间内观察出在制备过程中不能完全避免操作带来的微生物污染，对生产来说可能是1%或更低，但对患者来说是100%；如果发生高热情况，一般属于污染性问题，与制备机构的技术安全性紧密相关。
副作用——过敏反应：
又称为变态反应（Allergy）多在移植后1～10分钟后出现，但也有在几日后出现的。主要表现为平滑肌收缩，毛细血管通透性增加，粘膜腺体分泌增多，在症状上常可见到皮肤红肿、皮疹、荨麻疹、搔痒、斑块，或喉部、气管、支气管和胃肠痉挛或水肿。全身症状可导致血压下降、心率加快、皮肤苍白、水肿脉弱；严重者可出现休克，甚至死亡。发生这种情况同样和制备机构的技术安全性紧密相关。
潜在风险——致瘤性：
有文献报道
干细胞治疗有致瘤性情况的存在，但一般见于胚胎干细胞，且多代培养。成体干细胞在传代较少的情况下，不容易出现致瘤性。
