副作用——发热：低热：通常体温不超过38.5℃。
干细胞输入到身体后会分泌一些细胞因子调节免疫系统，造成短时间内对体温有一定影响。干细胞制备过程中引入多种外源因子（酶、血清、抗生素、细胞因子、抗体等）可能影响体温；所以有部分患者回输干细胞后会有短时间发热的症状。
副作用——过敏反应：
又称为变态反应（Allergy）多在移植后1～10分钟后出现，但也有在几日后出现的。主要表现为平滑肌收缩，毛细血管通透性增加，粘膜腺体分泌增多，在症状上常可见到皮肤红肿、皮疹、荨麻疹、搔痒、斑块，或喉部、气管、支气管和胃肠痉挛或水肿。全身症状可导致血压下降、心率加快、皮肤苍白、水肿脉弱；严重者可出现休克，甚至死亡。发生这种情况同样和制备机构的技术安全性紧密相关。
潜在风险——致瘤性：
有文献报道
干细胞治疗有致瘤性情况的存在，但一般见于胚胎干细胞，且多代培养。成体干细胞在传代较少的情况下，不容易出现致瘤性。
